(一)办公室。组织协调机关政务和绩效管理工作;负责机关日常运转工作;承担信息、信访维稳、政务公开、效能建设、后勤管理和保卫等工作;组织办理人大代表建议、政协委员提案;负责机关电子政务的组织实施等。
(二)政策法规科。承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导;承担行政执法监督、行政复议、行政应诉、行政调解和规范性文件审核备案工作等。
(三)固定资产投资科。研究提出深化投资体制改革、民营经济发展、加强政府投资项目管理、规范政府和社会资本合作等政策及其他投资类工作事项等。
(四)项目管理协调科。负责全市重点项目工作的协调管理,统筹督促重点项目实施,做好调度工作。协调重点项目建设、管理、要素支持和资源配置中的相关事宜等。
(五)经济体制改革科。研究提出经济体制改革政策措施,指导推进和综合协调全市经济体制改革,协调解决经济体制改革进程中的重大问题等。
(六)社会发展科。研究分析社会发展形势,综合协调社会发展和改革中的重大问题等。
(七)农村经济科。研究提出农村经济发展有关政策建议,协调农业和农村经济社会发展的重大问题等。
(八)财金商贸科和信用建设科。研究财政、金融运行形势并提出政策建议;参与研究和指导产权交易市场建设。研究提出重要商品总量平衡和宏观调控建议;协调解决流通体制改革中的重大问题。负责全市社会信用体系建设的指导、协调和综合管理工作等。
(九)资源节约和环境保护科。研究提出经济社会与资源、环境协调发展的重大问题;负责节能综合协调、实施节能监察和考核工作等。
(十)产业发展科。综合分析工业、服务业发展的重大问题,研究提出综合性产业政策建议;指导协调自主创新体系发展,组织推动技术创新和产学研联合等。
(十一)基础产业科。综合分析交通运输运行状况,协调有关重大问题,提出有关政策建议;统筹协调市推动长江经济带发展工作实施等。
(十二)价格调控科。拟订资源价格、环境价格、交通运输价格、工业品价格管理的原则、方法、项目和标准;提出全市年度居民消费价格总水平调控目标及价格调控措施并组织实施等。
(十三)收费管理科。贯彻落实国省行政事业性收费、经营服务性收费的法规和政策;依法清理整顿不合理收费,协调有关收费争议等。
(十四)成本调查监审和价格监测科(南充市成本调查监审局)。负责监测全市重要商品和服务价格,预测预警全市市场价格运行情况并提出政策建议;负责价格政策公布和价格信息发布工作等。
(十五)铁路建设综合科。研究提出铁路发展及相关政策建议等。
(十六)铁路建设管理科。负责全市铁路建设过程中问题的协调,处理铁路建设相关问题等。
(十七)人事科。负责机关并指导所属单位的人事管理、机构编制、教育培训、离退休人员管理服务、工资福利待遇等工作等。
(十八)审计科。负责对本单位及所属事业单位的财政财务收支、资产负债损益及所有者权益,固定资产投资,法律法规、规章遵守、宏观政策措施落实及决策执行以及计划、预算、程序、合同等执行情况进行审计监督等。
(十九)党建工作科。负责宣传贯彻党的路线、方针、政策,党风廉政建设和反腐败工作、党建工作;负责抓好基层党组织建设,严格党员管理,做好党员发展工作;负责基层党组织党费的收缴、使用和管理。指导工、青、妇工作;负责制定宣传、思想工作计划;负责精神文明建设工作和理论教育工作等。
(二十)财务科。负责机关的财务和资产管理,指导监督直属事业单位的财务和资产管理等。
(二十一)行政审批与营商环境科。承担市本级有关审批服务事项的受理、审批等工作;推进行政权力依法规范公开运行。承担审批服务便民化相关工作。负责全市营商环境建设工作等。
(二十二)市经济发展研究中心。负责对全市经济社会发展与改革中重大问题开展调查研究等工作等。
(二十三)市价格认证中心。承担涉纪检监察、涉案、涉税财物价格认定及结论复核等方面的事务性工作。承担协调处理价格争议纠纷方面的事务性工作等。
(二十四)市救灾物资储备中心。 储备管理中、省、市救灾物资,指导全市救灾物资储备管理和使用,协助开展社会救灾物资募集和捐赠接受管理工作等。